O Centro Multiusuário em Engenharia de Alimentos conta com um conjunto de laboratórios associados, laboratórios esses que são cadastrados na Plataforma PNIPE
Laboratório de Engenharia de Alimentos - https://pnipe.mcti.gov.br/laboratory/33296
Laboratório de Armazenamento e Processamento de Produtos Agrícolas - https://pnipe.mcti.gov.br/laboratory/9829
Laboratório do Serviço de Tecnologia da Informação - https://pnipe.mcti.gov.br/laboratory/17267
Laboratório de Agroindústria - https://pnipe.mcti.gov.br/laboratory/7720